Sankey 図と上流ツリーで値が合いません

この2つは、そもそも違うものを見せています。 経路上の値が食い違うのは、系が単なる木構造でないかぎり必ず起きます。

• 上流ツリーは供給連鎖の経路を1本ずつ展開する。同じプロセスが別々の経路に何度も現れ、ループがあれば展開は終わらない
• Sankey 図は、プロセスごとに経路をまとめて1点に集約する

そのうえで、Sankey 図側に最小寄与率（カットオフ）をかけていないかも確認してください。かけていると、そのぶんのリンクと寄与が図から落ちます。