システムプロセスとユニットプロセスでコストの結果が違います

迷うならユニットプロセスの結果を採ってください。 ecoinvent のデータセットのコストの部分は、環境評価に関わる項目ほど ecoinvent 側の手が入っていないと見られ、ユニットプロセスの結果のほうが信頼できる、というのが返ってきた見立てです。原因が確かめられたわけではありません。

コストの計算のしかた自体は説明されています。 openLCA は、プロセスの入出力ごとに入っているコスト情報をもとにコストを計算します。結果に出る「value added（付加価値）」はコストの符号を反転させたものです（value added = −1 × costs）。

「正味コストが負で付加価値が正になるのは普通か」という問いには答えが出ていません。上の式から符号の関係は分かりますが、それが「普通か」どうかは別の話です。