データベースを JSON-LD に書き出せず、エラーで終わります

まず「製品入力と廃棄物出力の既定プロバイダ（default provider）を書き出す」のチェックを外してください。 この設定が原因になりうる不具合が開発元によって特定されていて、修正すると告げられています。直ったかどうかは、新しい版の changelog で確認できます。

次に、割り当てメモリを増やします。 File → Preferences → Configuration で最大メモリを上げます。ログに StackOverflowError が出ているなら、これが効きます。

それでも直らないなら、書き出し先の空き容量と書き込み権限、データベース自体の状態を見ます。 データベースの状態は検証（validation）で確かめられます。openLCA の版が古い場合は上げてください。

エラーが出ていても、できた zip が使えることがあります。 Complete reference data 付きの新しいデータベースを作り、File → Import → File でその zip を選んだところ開けた、という確認があります。中身が揃っているかは別に確かめてください。

検証で単位の重複が出ても、書き出しの失敗とは関係ありません。データベースの検証で出る単位の重複は直す必要があるのでしょうかを見てください。