データベースの検証で出る単位の重複は直す必要があるのでしょうか

書き出せないことと単位の重複は関係ありません。

重複そのものも、多くはそのままで構いません。 単位の重複は警告どまりです。多くは同義語の登録によるもので、ton と Mg があり、Mg が ton の同義語として登録されている、といった形です。新しい版の openLCA では検証が厳しくなって見つかるものが増えましたが、単位の重複自体は以前から検証の対象です。

気になるなら、名前を変えます。 まったく使っていないほうを消してもよいのですが、使っていないと確信が持てる場合に限ってください。また、同じ Mg でも別々の単位がモデルの各所に混ざっていると、混乱の元になります。

書き出しの失敗そのものはデータベースを JSON-LD に書き出せず、エラーで終わりますを見てください。