同じ物質を、入力と出力で違う分類にしてよいのでしょうか

入力側の選び方が違います。 排出は入力になりません。入力側に置く基本フローは、環境から取り出す資源です。

入力なら資源として、出力なら排出先（大気・水域・土壌）ごとに選びます。同じ物質でも入るときと出るときで意味が違うので、結果として分類も別のものになります。