openLCA のデータベースフォルダにある大量の DAT ファイルは消してよいのでしょうか

DAT ファイルを手で消してはいけません。どれを消しても、データベースが壊れます。 容量を空けたいなら、使わなくなったデータベースを openLCA の中から削除するほうがよい、というのが回答者の勧めです。

容量が本当に問題なら、ライブラリで背景モデルを複数のデータベースで使い回す手があります。ecoinvent のデータベースを何度も複製して持たずに済みます（回答の時点では、近く公開する予定の機能として紹介されていました）。ライブラリについては openLCA のライブラリを使う利点は何でしょうか にあります。