GaBi から ILCD で書き出して取り込むと、単位の重複警告が出ます

Nexus 版のデータを使ってください。 GaBi から ILCD で書き出して取り込む経路は勧められておらず、続けるなら手当てを重ねることになります。

単位の重複そのものには、答えが出ていません。 警告の中身は、同じ単位の集合が別々のデータセットとして二重に入り、名前や別名が衝突している、と読めます。ただしこれは質問者の見立てで、裏は取れていません。