Nexus に登録すると、過去のバージョンの ecoinvent も使えるのでしょうか

過去の版にも常にアクセスできます。

ただし完全に互換とは限りません。 ecoinvent 側が中身を変えていくのに加え、古いデータベースのすべてが最新の openLCA 向けに更新されているわけではありません。開けるが、そのまま同じように動くとは限らない、という状態です。

新しい版に上げるときも、買い直しは要りません。 登録したライセンスのメンテナンスを Nexus で延長すれば足ります。過去の版が消えるわけではなく、終了日が決めるのは「どこまで新しい版を取れるか」です。