openLCA の寄与ツリーで同じプロセスが何度も出てくるのは正常でしょうか

正常です。 寄与ツリーは、ループのある LCA の系を、ループの無い木の枝に開き直したものです。

そのため、ループの中にあるプロセスは何度も現れます。モデルグラフのリンクをたどって「訪れた」回数だけ出てきます。入出力に循環リンクが見えなくても、系全体としてループになっていれば同じことが起きます。

あわせて質問されていた「P1 のプロバイダに設定した輸送工程 T1 が、製品システムの寄与ツリーには出てこないのに、P1 単体の直接 LCIA では出てくる」ほうには、答えが出ていません。