ecoinvent の水道水と廃水処理を両方入れると、二重計上にならないでしょうか

二重計上にはなりません。数えている範囲が違います。 水道水のデータセットは取水から給水までを、廃水処理のデータセットは受け入れてから放流までを持っていて、重なりがありません。

ecoinvent の書き方に厳密に従うなら

• 水道水 100 L を入力に置く
• 廃水処理を −100 L で入力に置く

処理側が負なのは、ecoinvent の廃棄物・廃水処理データセットが参照フローを負で持っているためです。こちらも負で受けると符号が揃い、質量収支が壊れません。ほかの問いに出てくる負号も、すべてこの置き方を指しています。