EXIOBASE で EN 15804 に沿った CO₂eq を出せるのでしょうか

EN 15804 のアドオンと、その中の対応した影響評価手法を使ってください。 これが本命の道筋です。

EXIOBASE 側でも EN 15804 に適した影響評価手法を使えばできるかもしれない、という言及もありますが、確かなものではありません。openLCA の LCIA Method package の手法はどれも EXIOBASE では機能しません（基準となるフローの体系が違うため）。EN 15804 のアドオンがその package に含まれるかは、どちらにも書かれていません。

選ぶ手法によって数字が変わります。とくに生物由来炭素の吸収を数える手法では CO₂eq が下がります。 どちらの扱いで出した値なのかを報告に書いておいてください。